本館珍藏宋代以降歷朝善本，這些古籍經名家鑑藏，書葉內之藏書印記，不乏名家，其目的除鑑賞、校勘、審定、借觀、讀過、經眼、書尾，乃至於傳誡、述志、寄情、題跋，莫不以印誌之。其文字字體包括鐘鼎文、篆文、籀文紛陳，其色則包括丹黃朱藍相參，其形則方圓長闊與葫蘆連珠並見，硃痕滿紙，動人心目。不僅可供研究遞藏源流，亦有藝術鑑賞之美。
依據史書紀載，藏書印最早源於西漢，私家印記早於官方；後至唐宋，私人、官方鈐印已相沿成風，比如唐太宗的貞觀連珠印、唐玄宗的開元印等皆屬之。私人藏書尤其注重藏書印的應用，發展至明清時代達到巔峰。
藏書印形制不一，風格迥異，從外型來看，有方印、長方印、橢圓印、葫蘆印等；就內容而言，大致可分為以下幾種：
普通的藏書印可反映藏家姓名、字號、室齋、仕途年紀等基本情況，如清雍正二年（1721）汪郊刻印初本《司馬氏書儀十卷》收藏有「海陽汪文樞字元極號千峰一號碧溪印」，呈現了藏書家的籍貫、姓名及字號；再如清乾隆元年（1736）李清植刻本《榕村全集四十卷》鈐「巡視福建鹽課監察御史之印」朱文方印、「福建浙江總督關防」滿漢朱文長方大印，皆呈現了藏書者的仕途官位。
「巡視福建鹽課監察御史之印」漢滿朱文方印。《奏銷乾隆二十八年盈餘引目摺》，清乾隆三十年清寫進呈本。（現藏者：國家圖書館，書號：04609，索書號：213.3 04609）
藏書印也可反映書的作者、刻坊，購書者於何時、何處得書，以及購書的艱辛。比如清康熙間刻笠翁傳奇十種後印本《憐香伴傳奇二卷》，封面鈐有「笠翁先生詩籤，封啟於金陵書鋪廊，芥子園書坊發兌」朱文長方印，從中可知該書為李漁所著，芥子園書坊所刻，並於金陵書鋪廊處購得；明末湯大節簡綠句居刻本《眉公先生晚香堂小品二十四卷》鈐「范樣雍己丑以後所得」白文方印，反映藏書家得書的時間；再如清雍正七年（1729）嘉興李氏自刻精本《觀妙齋藏金石文考略十六卷》鈐有「得此書費辛苦，後之人鑒我」白文長方印，用以表明此書之得來不易。
「得此書費辛苦後之人其鑒我」白文長方印。《草書集韻》，明成化十年蜀藩刊本。（現藏者：國家圖書館，書號：00996，索書號：110.2 00996）
許多藏書家都告誡子孫繼承先志、保存藏書的家訓或祖訓。如明毛氏汲古閣刻本《酉陽雜俎二十卷續集十卷》鈐有「吉氏藏書，遺之子孫，勿借勿鬻，宜重宜珍」朱文方印，用以告誡後人愛惜藏書；又如明天啟刻玉茗堂全集本《玉茗堂尺牘六卷》鈐有「得者寶之」，寥寥數語將藏書者的愛書惜書之心表露無遺。
主要內容為前人詩詞、文句、典故等；亦有藏書者所撰，用以表明藏主自身的志趣、逸興、期望、偏好等。如清順治消閒居刻本《覺世明言不分卷》鈐有「石上題詩掃綠苔」白文長方印、「試問海棠花，昨夜開多少」朱文長方印；明崇禎間吳震元等刻本《陳眉公先生全集六十卷》鈐有「所思多在別離中」白文長方印，以及明嘉靖三十三年（1554）梁佐刻本《丹鉛總錄二十七卷》鈐有「長相毋忘」朱文圓印，呈現其藏書、交友等生活情趣。
內容引用箴言、警句，比如明末衡堂刻粲花齋新樂府四種本《療妒羹傳奇二卷》鈐有「存心淡泊，寧靜行己，正大光明」白文方印，反映藏書者淡泊名利、寧靜自適的精神；再如清康熙十七年（1678）刻本《東白堂詞選初集十五卷》所鈐「我今始知之」，以及清康熙三十七年（1698）清吟堂刻本《編珠四卷》之「開卷有益」，皆表達出收藏家的治學態度。
